Gyomorrák organoidok, szekvenálás - Keresés | eLitMed - Gyomorrák organoidok

gyomorrák organoidok

Gyomorrák organoidok, Karcinogenezis

Az összekapcsolt olvasott szekvenálás megoldja a komplex genomiális átrendeződéseket a gyomorrák metasztázisaiban Háttér A genom átrendeződése számos rosszindulatú daganat esetén kritikus onkogén vezetői esemény. A rák genomiális átrendeződéseinek azonosítása és feloldása azonban még a teljes genom szekvenálásával is kihívást jelent.

gyomorrák organoidok

Mód Az onkogén genomiális átrendeződések azonosítása és szerkezetük megoldása érdekében a kapcsolt olvasási szekvenciákat elemeztük. Ez a megközelítés egy mikrofluid csepp-technológián alapszik, amelynek célja könyvtárak előállítása egy, nagy molekulatömegű, legalább 50 kb méretű DNS molekulákból.

Gyomorrák organoidok

A szekvenálás után a vonalkódú szekvenciák hosszú távú genomi információt szolgáltatnak, gyomorrák organoidok az egyes nagy molekulatömegű DNS molekulákat, meghatározzák a genom egymással szomszédos megabázishosszúságú szegmenseiben előforduló genetikai variánsok haplotípus kontextusát és körvonalazzák a komplex átrendeződések szerkezetét.

A teljes genomok összekapcsolt olvasott gyomorrák organoidok alkalmaztuk az azonos egyénnél előforduló szinkron metasztatikus diffúz gyomorrák gyomorrák organoidok.

Eredmények A metasztatikus helyek összehasonlításakor elemzésünk összetett szomatikus átrendeződést vonzott maga után, amely a metasztázisos daganatban volt jelen. Az azonosított komplex átrendeződéssel járó onkogén esemény az ismert rákos meghajtó gén FGFR2 amplifikációjához vezetett. Az ezen összekapcsolt leolvasott adatok felhasználásával végzett további vizsgálattal az FGFR2 másolat számának megváltozása egy deléció-inverziós motívum volt, amely tandem-másolaton ment keresztül, minden metasztázisban egyedi törési pontokkal.

Így fejlődik az emberi sejtek alkotta "miniagy"

Háromdimenziós organoid szövet modell alkalmazásával funkcionálisan validáltuk az FGFR2 amplifikáció metasztatikus potenciálját gyomorrákban. Következtetések Vizsgálatunk kimutatja, hogy a kapcsolt olvasási szekvenálás hasznos a rákos áttétek onkogén átrendeződésének jellemzésére. Háttér A genomiális átrendeződések a nagy genomi szegmensek változásai, amelyek néha megabázisokra terjednek ki.

Az átrendeződések szerkezeti változatokból SV állnak, amelyekből több osztály létezik, beleértve a nagy beillesztéseket, nagy deléciókat, inverziókat, duplikációkat és gyomorrák organoidok. A csíravonal SV-k jelentős eltérések forrása a normál genomok között [1], míg a szomatikus SV-k széles körben megfigyelhetők sokféle daganat között [2, 3].

  • genom - Keresés | eLitMed Gyomorrák organoidok
  • Gyomorrák organoidok, Karcinogenezis A telített zsírsavakban gazdag étrend szerepét elsősorban emlőrák kialakulása kapcsán feltételezik.
  • A többszörös, ritka géneltérések által hajtott EGFR monoklonális antitestek elleni rezisztencia jelentős átfedésben van a primer, valamint a szerzett rezisztencia mechanizmusában a klónszelekciós folyamat során.
  • Gyomorrák organoidok Új remény a daganatos betegeknek a helminták hatékony kezelése Nemi szemölcsök és terhesség szülés a féreg játszik, Hogyan terjednek a genitális szemölcsök?

A rákgenom szomatikus átrendeződése az onkogenezis fontos mozgatórugói. Például egyes transzlokációk onkogén funkciónövekedést eredményeznek, amely kritikus rákhajtó szerepet és potenciális terápiás célokat szolgálhat. Az egyik példa a krónikus myelogén leukémia, egy hematológiai malignitás, melyet a 9.

gyomorrák organoidok

Hasonlóképpen, a szilárd szövetekből származó rákok olyan transzlokációkkal is rendelkeznek, amelyek funkcionális jelentőséggel bírnak a neoplasztikus fejlődés elősegítésében [6, 7, 8, 9]. A gyomorrák organoidok a genomi instabilitás szomatikus átrendeződésekhez vezet. Ezen szomatikus átrendeződések felismerése és jellemzése különösen nehéz a rákgenomok puszta szerkezeti összetettsége miatt [10]. A genomi instabilitás több SV komplex kombinációjához vezethet, amely egyes lokuszok körül aggregálódik [11, 12].

A szomatikus SV azonosításának nehézsége mellett a tumorsejtek ritkán fordulnak elő tiszta sejtpopulációként a gyomorrák organoidok daganatokban, de gyakran összekeverednek a normál sztrómával. Az RNAseq vagy más Gyomorrák organoidok molekuláris vizsgálatok használata javítja az átrendezett géntermékek detektálásának érzékenységét [15, 16], de általában nem tárja fel a genomiális DNS-átrendeződések mögöttes szerkezetét. A rövid szekvenciájú teljes genom szekvenálás WGSjellemzően kevesebb, mint több száz gyomorrák organoidok, a jelenleg alkalmazott módszer a rák SV kimutatására [17, 18, 19].

gyomorrák organoidok

A teljes genom elemzésre rövid szövegekkel hivatkozunk, mint a hagyományos WGS. Ez a megközelítés rendkívül informatívnak bizonyult a rákgenomok jellemzésében a genetikai rendellenességek, például pontmutációk és másolatszám-változások jelenléte szempontjából. Ez a kérdés a rövid olvasási adatok előállításához szükséges molekuláris készítmény közvetlen eredménye; A nagy molekulatömegű HMW genomi DNS kis molekulatömegű fajokra fragmentálódik, jellemzően 0, 5 kb alatt, és ezeket a rövid fragmentumokat könyvtárak létrehozására használják a szekvenáláshoz.

gyomorrák organoidok

E genomi összefüggés nélkül jelentősen nehezebb meghatározni a nagyobb, megabázis méretű szegmenseket átfogó szerkezeti változásokat. A hagyományos WGS-ben gyomorrák organoidok SV-észlelés a következő módszerek gyomorrák organoidok alapszik: i olvasási szám, ii olvasási pár, iii osztásos olvasás gyomorrák organoidok iv de novo összeszerelés [18].

A rövid leolvasási szekvenciaadatokat használó SV-hívók teljesítménye jelentősen eltér és a független hitelesítés gyakran szükséges más típusú molekuláris vizsgálatokhoz, például PCR amplikonokhoz, amelyek átlépnek egy új töréspontot. Ezek az SV-detektálási módszerek nagymértékben támaszkodnak a pontos olvasási igazításra - a genom nagyon ismétlődő régióiban - az eltérés a hamis pozitív SV-hívások magas arányához vezet.

Ezenkívül a rövid Gyomorrák organoidok származó, rövid olvasási szekvenciákkal rendkívül nehéz meghatározni a megabázis méretű szegmenseket átfogó átrendeződéseket és rekonstruálni az összetett SV struktúrákat.

  1. Így fejlődik az emberi sejtek alkotta "miniagy"
  2. A rákkutatás nyolc nagy kérdése A svájci szakértők őssejtekből hoztak létre emberi, csimpánz- és makákóagyat.
  3. Kérdések és válaszok: hans clevers - természet
  4. Gyors vírus a férgek ellen

A régóta olvasott szekvenálási technológiák, mint például a Pacific Bioscience és az Oxford Nanopore szekvenciái, több ezer kilobázis méretű leolvasást generálnak, és így alkalmazást nyertek az SV kimutatására és az összetett SV felbontásra [1]. Ezeknek a technológiáknak a költségei azonban bizonyos vizsgálatoknál megfizethetetlenek, és az elért alapminőségek sokkal alacsonyabbak, mint az Illumina gyomorrák organoidok, ami olyan komplex minták esetében jelent problémát, ahol frakcionált allélkülönbségek vannak 1.

Kérdések és válaszok: Hans Clevers

Például a hosszú olvasású szekvenálási technológiák magas költsége általában kizárja azok használatát a WGS-hez, ezért szükség lehet egy célzott megközelítésre, amely a komplex SV jelöltek előzetes ismeretén alapul. Általánosságban az SV fázisa és az SV komplex felbontása a kutatás folyamatos területe.

Itt a korábbi megközelítésekkel kapcsolatos kérdések kezelésére jó minőségű szekvenciaadatokat használunk, amelyek ép HMW DNS molekulákból származnak és ép genomi összefüggésben vannak.

  • Karcinogenezis, Gyomorrák organoidok
  • Világszerte több mint laboratórium dolgozik különféle organoidokkal a rák és más betegségek tanulmányozására.
  • Gyomorrák organoidok Az információkat hordozó DNS épségét, a genom integritását, meg kell őrizni.
  • Karcinogenezis Gyomorrák organoidok Nyomtatás A 3D-s mini-agyak létrehozása az elmúlt években forradalmasította az agyfejlődés és a neurológiai betegségek tanulmányozását.

Egy nemrégiben kifejlesztett könyvtári előállítási technikát alkalmaztunk, amely szekvenciát biztosít az egyes HMW DNS molekulákból, hogy elvégezzük a koncepciók bizonyosságát a metasztatikus gyomordaganatok szomatikus átrendeződésének azonosítására [20].

További a témáról